V súlade s Nariadením Rady (ES) 1260/1999 je pre účinné a správne využitie prostriedkov zo štrukturálneho fondu potrebné ustanoviť povinnosti členských štátov s ohľadom na systém riadenia, monitorovania a kontroly.

Pre každú pomoc musí existovať jeden riadiaci orgán s definovanou zodpovednosťou. Táto zodpovednosť sa vzťahuje predovšetkým na zber údajov o implementácii a odovzdávanie správ o týchto údajoch Komisii, zabezpečovanie riadneho financovania, hodnotenia a plnenia povinností vo vzťahu k verejnosti a právu Spoločenstva.

Monitorovacie výbory sú subjekty určené členským štátom, ktoré kontrolujú činnosti vykonávané riadiacim orgánom, zabezpečujú dodržiavanie svojich vlastných pokynov a vykonávacích pravidiel a preskúmavajú hodnotenie.

Hlavnou úlohou Platobnej jednotky pre ESF je zabezpečovať prevod finančných prostriedkov EÚ a spolufinancovania zo štátneho rozpočtu z výdavkového účtu ministerstva na účet konečného prijímateľa.

Platobný orgán primárne zodpovedá za koordináciu prípravy všetkých pracovných a účtovných postupov súvisiacich s príjmom zálohovej platby, priebežných a záverečnej platby od EK a výkonu týchto činností.